Để kiểm tra mối quan hệ của nó với các loài bò sát khác, Kongonaphon được đưa vào một phân tích phát sinh loài được sửa đổi từ Müller et al. 2019. [7] Phân tích này ban đầu không bao gồm Scleromochlus, một thằn lằn chúa nhỏ thường được coi là có họ hàng xa với thằn lằn bay. Lần lặp lại đầu tiên của phân tích cho thấy Kongonaphon và các loài lagerpetids khác là khủng long biến hình sớm nhất, có họ hàng gần với khủng long hơn là thằn lằn bay. Kết quả này là phổ biến trong các phân tích tập trung vào archosaur.

Scleromochlus đã được thêm vào trong lần phân tích thứ hai. Điều bất thường là lagerpetids chuyển từ dạng khủng long sang dạng dực long (gần giống với loài thằn lằn bay hơn) trong lần lặp lại này. Pterosauromorpha được chứng minh bằng một số đồng hình (đặc điểm có nguồn gốc chung) của hàm trên và mắt cá chân, mặc dù một số trong số này không được biết đến ở lagerpetids. Do đó, cần phải nghiên cứu thêm để chứng minh vị trí của lagerpetids trong Pterosauromorpha. Đây cũng là trường hợp của Scleromochlus, được mã hóa trong phân tích dựa trên các khuôn đúc bằng đá sa thạch.